Le 11 septembre 1792, le Conseil municipal de la commune de Marseille prit une délibération établissant un tribunal populaire. Ce tribunal comprenait 48 juges (deux pour chacune des 24 sections urbaines), puis 64 (avec les 16 représentants des 8 sections rurales). Formé d'une chambre d'accusation et d'une chambre de jugement, il recevait les plaintes des sections ou jugeait en appel les décisions des juges de paix. Installé dans l'ancien couvent des Jésuites de Saint-Jaume, il fut successivement transféré dans l'église des Accoules, enfin au Saint-Esprit.
Véritable émanation des sections marseillaises en lutte contre la Convention, ce tribunal fut pourtant créé bien avant le mouvement fédéraliste, principalement afin de canaliser les violences de l'été 1792. Son activité, faible jusqu'en avril 1793, connut un grand développement durant l’épisode fédéraliste (juin-août 1793).
Compétent au début pour le seul territoire de Marseille, le tribunal étendit son ressort à l’ensemble du département. Les magistrats ou jurés qui le composaient n'étaient pas tous des professionnels du droit : il y avait parmi eux des artisans, des commis ou des bourgeois rentiers. Ce sont eux qui jugèrent le maire de Marseille, Mouraille, le procureur de la commune, Seytres, et les frères Savon.
Cassé par la Convention le 19 juin, le tribunal populaire siégea dans l'illégalité jusqu'au 25 août 1793, date de l'entrée des troupes de Carteaux dans Marseille.