Les archives communales et intercommunales sont le résultat de l’activité administrative des communautés d’habitants de l’Ancien Régime, organisées par paroisses, puis des communes et de leurs groupements. Ces archives sont conservées en mairie ou dans les locaux du groupement de communes concerné. Toutefois, les communes et les intercommunalités peuvent décider de déposer une partie de leurs archives aux Archives départementales (voir dépôt). Les archives ainsi déposées forment une partie de la série E.
Actuellement, le département des Bouches-du-Rhône compte cent dix-neuf communes dont dix-huit de moins de 2 000 habitants (INSEE 2020). Ces dernières sont tenues de déposer leurs archives anciennes aux Archives départementales.
Les fonds d’archives de soixante-dix-huit communes et intercommunalités sont déposés aux Archives départementales.
Les fonds communaux et intercommunaux déposés aux Archives départementales des Bouches-du-Rhône contiennent une abondante documentation sur l’histoire des communes et des intercommunalités : archives anciennes remontant souvent aux XIIIe et XIVe siècles, registres paroissiaux et d’état civil, registres des délibérations de la communauté puis du conseil municipal ou intercommunal, recensement de la population, plans et registres cadastraux napoléoniens, affaires militaires, élections, finances communales, dossiers techniques…
Aux Archives départementales des Bouches-du-Rhône, les archives communales et intercommunales déposées forment ainsi les sous-séries 103 E à 182 E et 194 E. Le fonds des archives communales de Berre-L’Etang (121 E), déposé anciennement aux Archives départementales, est désormais consultable aux Archives municipales de Berre-L’Etang. Sur les soixante-et-onze fonds d’archives de collectivités déposés aux Archives départementales, trois concernent des communes disparues par suite des regroupements de communes opérés au XIXe siècle (La Galinière 132 E, Roquehautes 118 E et Suès 130 E), un autre concerne une communauté d’Ancien Régime, La Vallée des Baux 108 E, divisée en quatre communes en 1800 (Les Baux-de-Provence 167 E, Maussane-les-Alpilles 164 E, Mouriès et Le Paradou) et un dernier concerne un groupement de communes (Syndicat intercommunal des transports scolaires du canton de Roquevaire 172 E).
Enfin, de nombreux documents communaux ayant été tenus en double, le second exemplaire a été versé dans les fonds des Archives départementales. C’est le cas notamment des documents cadastraux conservés dans la série P ou encore de l’état civil dans la série E. La série O, consacrée aux archives relevant de la tutelle des communes exercée par la Préfecture, s’est constituée parallèlement aux archives communales proprement dites et en est le complément.
