Les lois du 15 frimaire an VI [5 décembre 1797] et du 11 frimaire an VII [1er décembre 1798] divisent les dépenses de la République en quatre catégories : dépenses générales, dépenses départementales, dépenses des administrations municipales de canton et dépenses communales. Les dépenses départementales concernent les tribunaux, les administrations centrales, les écoles centrales, les bibliothèques et les musées, l'entretien et la réparation des bâtiments servant à ces établissements, l'entretien et la réparation des prisons, les taxations et les remises du receveur du département et de ses préposés, les autres dépenses nécessaires à l'administration du département et autorisées par les lois.
L'arrêté consulaire du 25 vendémiaire an X [17 octobre1801] divise les dépenses en deux classes : les dépenses fixes consacrées aux traitements des préfets, secrétaires généraux, conseillers de préfecture et sous-préfets, professeurs des écoles du département juges et greffiers des tribunaux sont ordonnancées directement par les ministères concernés, sur lesquelles les conseillers généraux ne sont plus qu'appelés à donner leur avis ; les dépenses variables laissées à leur contrôle et ordonnancées par les préfets. À partir de la loi de finances du 2 ventôse an XIII [21 février 1805], les conseillers ont également la possibilité de voter des "dépenses facultatives". De nouvelles catégories de dépenses font leur apparition dans le budget départemental : les dépenses facultatives d'utilité départementale (loi du 28 avril 1816) qui comprend les emprunts ou impositions extraordinaires décidés par le conseil général et autorisés par une loi spéciale et concernant les travaux importants (construction de bâtiments départementaux ou de routes départementales), les dépenses du cadastre (loi du 31 juillet 1821), les dépenses de l'instruction primaire (loi du 28 juin 1833), les dépenses de construction et d'entretien des chemins vicinaux (loi du 21 mai 1836).
La loi du 10 mai 1838 confère au département une certaine autonomie. Au lieu d’élaborer des budgets distincts pour chaque type de dépenses, il établit désormais un budget unique divisé en six sections bien distinctes : 1re section, dépenses ordinaires (anciennes dépenses variables) ; 2e section, dépenses facultatives d'utilité départementale; 3e section, dépenses extraordinaires (complément éventuel aux ressources de la 2e section) ; 4e section, dépenses des chemins vicinaux ; 5e section, dépenses de l'instruction primaire ; 6e section, dépenses du cadastre. Chaque section est divisée en sous-chapitres et articles.
Ces dispositions restent en vigueur jusqu'à la loi du 18 juillet 1866 qui restructure le budget départemental en deux parties : budget ordinaire et budget extraordinaire (ancienne section consacrée aux dépenses extraordinaires). Ils sont également autorisés à contracter des emprunts : les ressources à disposition de l’assemblée augmentent.
La loi du 10 août 1871 rattache le budget départemental au budget de l'État : il figure à la fin de la première section du ministère de l'Intérieur sous le nom de "budget sur ressources spéciales". Préparé et présenté par le préfet, le projet de budget doit être communiqué avec pièces à l'appui à la commission départementale, avant l'ouverture de la session d'août ; à l'ouverture de cette session, la commission départementale présente au conseil général un rapport sommaire sur le budget, puis celui-ci est délibéré par l'assemblée départementale, puis définitivement réglé par décret et rendu public par voie d'impression. Divisé en budget ordinaire et budget extraordinaire avec recettes et dépenses, le budget départemental comprend trois documents : le budget primitif, le budget de report et le budget rectificatif ou supplémentaire. Le budget de report, dans lequel les fonds restés inemployés au cours de l'exercice sont reportés sur l'exercice suivant, est supprimé par la loi du 29 juin 1899 et le décret du 20 janvier 1900.
C'est la loi du 18 juillet 1892 et le décret du 12 juillet 1893 qui donnent au budget départemental les caractères qu'il conserve jusqu'en 1940. Le budget sur ressources spéciales est supprimé et les subdivisions du budget départemental forment dès lors des chapitres indépendants et non plus de simples sous-chapitres du budget de l'État. L'exercice du budget est fixé du 1er janvier au 31 décembre. Le préfet devient l'ordonnateur primaire des dépenses départementales – il n'était jusque-là qu'ordonnateur secondaire pour le comptes des ministres de l'Intérieur, des Finances et de l'Instruction publique – et le trésorier-payeur général devient le comptable du département chargé du règlement des dépenses et du recouvrement des recettes. Le décret du 12 juillet 1893 précise la nomenclature et la description des différents documents comptables utilisés par le préfet et par le trésorier-payeur général.
